大报恩寺龟趺。在中国佛教发展史上，南京的地位举足轻重，一句“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”道尽了南京曾经佛教兴盛，寺院林立的状况。大报恩寺和灵谷寺、天界寺并称金陵三大寺，而又以报恩寺为首，明成祖朱棣为纪念生母，敕令工部”造九级一色琉璃宝塔一座，……以扬先皇后之德。”该塔被西方人称为中世纪世界七大奇迹之一。1854年太平军攻入南京后，宝塔被毁。

大报恩寺香水河桥。大报恩寺位于南京秦淮河畔的长干里，原址有建于东吴的长干寺和阿育王塔，史称“江南第一寺”。这里曾经香火旺盛，香客众多，成为金陵一盛景。

古林寺。古林寺位于城西马鞍山中之凤山，有“中兴戒律第一祖庭”，“敕赐振古香林”的声誉。

鸡鸣寺。鸡鸣寺位于玄武湖东南面，几番风雨，到同治年间重建，修观音楼，供奉大慈大悲观世音菩萨，有意思的是这里的观音像朝向是倒着的，佛龛上有一对楹联道出真相：“问菩萨为何倒坐，叹众生不肯回头”。

牛首山辟支佛塔。佛塔原在牛首山南麓，建于宋代，现在已经不存在了，只留下照片工后人凭吊。

牛首山弘觉寺塔。弘觉寺曾是金陵名刹，如今也只剩一座佛塔了。弘觉寺塔建于唐代，据记载，唐代宗李豫“感梦”，敕“修七级浮屠”，现存的这座塔其实建于明代。

毗卢寺万佛楼。毗卢寺最初只是一个小庵，因寺中供养毗卢遮那佛，故名“毗卢庵”。清朝咸丰年间在战火中被摧毁。同治年间大兴土木进行重建，成为当时的南京第一大寺，据说乾隆下江南，到达南京的第一晚就是下榻于毗卢寺的禅院。

普德寺。普德寺在雨花台西北方向的普德村，始建于南梁，明代重修。曾经规模宏大的寺庙如今只留下大雄宝殿、无量佛殿、石龟趺。

栖霞寺。栖霞寺位于南京市栖霞山，为三论宗祖庭。隋朝时，隋文帝下诏以蒋州栖霞寺为首，在全国八十三州大造舍利塔，由此成为“天下四大丛林”之一。

幕府山观音阁。曾经在燕子矶西南方的幕府山有永济寺和观音阁，后来永济寺被废，现在只留存了观音阁。

天界寺。位于中华门外，曾经是和大报恩寺、灵谷寺同为金陵三大寺，现在只留下一座佛殿和一些明代的石碑等遗迹。