终南山佛教是长安佛教的组成部分，从某种意义上说，终南山可谓长安佛教之摇蓝。

佛教自西汉哀帝元寿元年（前2）传入长安之后不久，终南山也开始建立弘教的据点，这就是其北麓户县境内庞村的罗汉寺。该寺始建于东汉永平初年（58—61），初名白马招觉院。西晋惠帝于太和元年（302）颁布圣旨（《圣旨碑》现存该寺）敕建该寺，并派出两名监造官负责扩建，扩建后更名为“行香院”，并召该寺高僧普觉入宫，以国师之礼相待，赐地千倾，造殿堂百座，瓦厦数千间。”此碑实为长安最早弘化佛教的珍贵资料，它填补了汉至西晋阶段长安弘化佛教的断代。三国时，朱士行于甘露五年（260）从雍州出发，前往于阗求取《大般若经》，这件事也说明了三国时雍州境内已有佛教信仰。东晋十六国时，长安佛教进入大发展的阶段，而终南圭峰山下的大寺（草堂寺前身）与长安城北的逍遥园则成了此一时期长安佛教的大本营，这里不仅是中国佛教史上第一个国立译经场，而且也是第一个管理全国佛教事务机构的所在地。自此开始至唐亡，长安成了中国佛教的弘传中心，终南山也成了众多僧人栖隐修行之所、佛教诸宗的策源地和教难时期佛教徒们的避难所。

当中国佛教开始向前发展而又尚未达到成熟阶段的时候，北魏太武帝和北周武帝分别于公元446年和574年发动了两次灭佛运动，长安均成为法难的中心而因此荼毒最烈。此时，长安城里的僧人即逃入终南山以保存力量，法难过后，他们再重新进入城市，寻求新的发展。《高僧传》载：僧周及其弟子僧亮等数十人曾在第一次法难前夕逃入“寒山”（或称太白山）隐居。文成帝继位后下令复兴佛法，派人入山请僧周师徒同兴法事，僧亮随使至长安，受到了全城百姓的欢迎，镇守长安的永昌王奉旨“亲自枉道接足致敬”，并在其建议下修复故寺，延请沙门，史称“关中大法更兴，亮之力也。”北周法难时期，逃入终南山避祸的僧人更多，主要者略如以下数人可代表之：静霭法师于时亦携其徒侣30余人入终南山，东西造寺27所，依岩附险，使逃逸之僧得以安置，此不啻为灭佛之祸行虐关中乃至全国时的一方净土；法应亦避迹终南，“饭衣松萝，潜形六载”。当隋代复兴佛法之后，应复至长安师事昙崇，并代其维持五百徒众。开皇十二年（592），当选为全国“三学业长”的25人之一，并领徒三百于（长安）实际寺相续传业；道判法师曾西奔于太白山，逃难之中不忘讲习《中论》、《百论》、《十二门论》和《大智度论》。周宣帝即位后下诏复兴佛法，判当选为120名“菩萨僧”之一；隋立，复充大兴善寺住持，开皇七年（587），敕于终南山交谷东岭由天竺人监工建造龙池寺，请其居住。诸如此类，不一而足。在某种程度上，终南山成了（佛教）躲避劫难的堡垒。

中国佛教的宗派，若将三阶教包括在内，便共有9宗，其中三阶教、三论宗、唯识宗、净土宗、律宗、华严宗、密宗的祖庭都在长安，7宗之中，又有5宗的祖庭或中心寺院是在终南山中。对于三论宗、华严宗和律宗来说，终南山可谓是它们的发祥地。这3宗的祖庭或中心寺院如下：

草堂寺，在户县境内终南山北麓的圭峰脚下。始建于西晋，姚秦时称为“大寺”。弘始三年（401）至十三年（413），龟兹高僧鸠摩罗什应秦主姚兴之请，在逍遥园—大寺建立中国第一个国立译经场，译出经律论三藏经典35部425卷，诸经以大乘为主，间杂小乘，其中有《妙法莲华经》、《中论》、《百论》、《十二门论》、《大智度论》、《观无量寿经》、《禅法要》、《禅要解》、《菩萨戒本》、《十诵律》等等，关涉到天台宗、三论宗、净土宗、禅宗、律宗等，不少还成了创宗立说所依据的经典。罗计所弘以性空学说为主，其高足僧肇被称为“解空第一”，在自己的撰述中阐明并确立了“诸法缘生性空”的三论宗义，成为罗什学说的正宗传人。后来，辽东僧朗传得此学，并至江东弘扬，至吉藏而正式确立三论宗大旨和仪轨。由于本宗依“三论”而立宗，推鸠摩罗什为本宗初祖，大寺也便成了该宗的祖庭。魏周之际，大寺分为草堂、常住、京兆王寺、大乘等四寺，独草堂寺存留至今。华严宗四祖澄观法师于此撰成《新译华严经后分经疏》10卷，五祖宗密住此教禅双弘，飞锡法师于此据《法华》而说“净土”，可见，这个三论宗的祖庭此时与华严宗、禅宗、净土宗也发生了密切的关系。

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